南通金蝶将KIS旗舰版系统结构简要的概括为，“两个面孔、三层结构”。KIS旗舰版系统可大致的分为三层，包括表示层、业务逻辑层 以及数据层。
表示层 又称客户端，用于接收指令、数据输入和数据处理结果的输出。作为表示层，KIS旗舰版系统提供了两套前端系统，包括GUI（Graphical User Interface）和WEB两个面孔。

 GUI版本的系统拥有丰富的用户界面和强大的交互能力，可以完成复杂的系统功能。它对客户机配置以及网络带宽要求较高。而基于Internet浏览器来执行的WEB系统，无需安装客户端，对机器配置和网络要求不高。两种客户端的相似点是，都是通过同样的业务逻辑层来完成业务逻辑的检查，用GUI系统录入数据，然后利用WEB系统查询。用户业务需要自己选择系统，局域网环境考虑GUI系统，在广域网或者Internet应用环境一般选择WEB系统，也可以考虑两系统结合。

目前金蝶技术软件为适应企业不断发展的需要，基于WBE技术，已经实现GUI和WEB技术的集成，提供在Internet上使用的功能。金蝶这样的转变使企业办公不再局限于固定空间，企业信息可以使用浏览器实时查询、录入，满足用户充分共享并汇总信息的需求。

业务逻辑层一般负责接收表示层的请求，并对此进行业务逻辑（包括权限检查）检查、分解，分配数据层操作，返回处理信息到表示层。 业务逻辑层拥有不同系统的业务组件，KIS旗舰版系统的依据系统的不同划分将组件整理到各类组件包，以隔离子系统，避免子系统之间的相互影响，同时也便于实现系统的按模块分布。

数据层拥有大型数据库，具备高性能的数据信息存储能力，全面精确储存KIS旗舰版业务数据。KIS旗舰版系统的数据存储策略是每个业务实体对应一个数据库（Database），我们称之为一个账套。

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